La mise en place des agences régionales de santé, par la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires (HPST), est à l'origine des modifications importantes qui affectent la maquette du budget de la mission Santé en 2011 : ces évolutions ont été préfigurées en 2010 par le basculement des crédits de fonctionnement des agences régionales de l'hospitalisation (ARH) vers le programme support de la mission Solidarité, insertion et égalité des chances.
En 2011, la mission Santé ne regroupera plus que deux programmes : le programme Protection maladie, dont le périmètre reste inchangé et qui porte les dépenses de solidarité nationale en matière d'accès aux soins des plus défavorisés - couverture maladie universelle complémentaire (CMUc) et aide médicale de l'État (AME) - et l'indemnisation des victimes de l'amiante ; et le programme Prévention, sécurité sanitaire et offre de soins,...
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