L'ensemble des financements destinés à l'AFPA figurent désormais dans le programme 103 « Accompagnement des mutations économiques et développement de l'emploi ». La subvention de fonctionnement ne sera pas versée directement par l'État mais proviendra du prélèvement opéré sur le fonds paritaire. Sur les 300 millions d'euros de celui-ci, 75 millions sont fléchés en direction de l'agence, dont 54 millions au titre de la politique de certification et 21 millions au titre du fonctionnement.