L'OCLDI a été créé par un décret du 24 juin 2004, sur le rapport du ministre de l'intérieur, du garde des sceaux et du ministre de la défense de l'époque. Au premier alinéa de l'article 1er, il est précisé qu'il est rattaché à la sous-direction de la police judiciaire de la direction générale de la gendarmerie nationale.