Du point de vue alimentaire, le PNA n'a pas pour objet de favoriser un mode de production par rapport à un autre.
L'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) n'a jamais pu démontrer une différence de qualité nutritionnelle entre les aliments produits biologiquement et les autres. La revue Que Choisir a récemment fait le même constat.