Il est prévu que le fonds encourage la péréquation des coûts et des recettes sur le périmètre de chacun des schémas directeurs concernés. C'est un gage de minimisation du coût total et de cohérence des réseaux à une certaine échelle. Or, en réalité, il n'existe pas de délimitation géographique possible entre une « zone rentable » et une « zone non rentable », puisque toutes les communes comprennent des zones de densité fort différente. Ajouter une zone pavillonnaire à un projet rentable en zone urbaine dense va dégrader la rentabilité globale, jusqu'à le rendre non rentable suivant la taille respective des deux zones.
Il va falloir définir ce que l'on entend par zone : de quel périmètre s'agit-il ? à quelle échelle ? Des zones de densité très différentes peuvent cohabiter l'une à côté de l'autre, au sein d'un même périmètre : comment décider du mode d'intervention et de sollicitation du fonds sur les zones qui se touchent ?