Les dédommagements versés par les opérateurs ne reviennent que très rarement, et chichement, aux victimes. La pratique devrait être plus courante.
Même les lignes qui circulent sur des lignes dédiées, comme le sud de la ligne B, sont affectées par ce qui se passe sur les sillons mixtes partagés entre le fret, les transports urbains et les TER. Mais le problème est en train de se résoudre.
Autre difficulté : les connexions entre lignes, par exemple à Massy-Palaiseau. Passer d'une ligne à l'autre est compliqué alors que les incidents obligent les voyageurs à de tels reports. De plus, la ligne C à Massy n'est pas bien desservie, le soir surtout.