Aucune instruction ne parvient aux agences régionales de santé sans avoir été validée par le conseil national de pilotage, qui regroupe l'ensemble des acteurs – directions de l'administration centrale, Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés et caisse nationale de solidarité pour l'autonomie – qui peuvent ainsi évoquer ensemble les politiques et les stratégies à mettre en oeuvre. La coordination nationale n'est donc pas inexistante.
La Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés a un rôle d'assureur : signer une convention avec des professionnels de santé fait partie de ses compétences, et cette convention peut être un atout pour la mise en oeuvre d'une politique régionale. L'agence régionale de santé intègre ainsi dans sa politique les indicateurs de prévention qu'elle contient pour atteindre les objectifs qu'elle-même s'est fixés.