Ce choix a tout particulièrement pollué le débat constituant la pierre angulaire de ce texte : la recherche sur l'embryon sans projet parental et sur les cellules souches embryonnaires.
Pourtant, l'Agence de la biomédecine, le Conseil d'État, l'Académie de médecine, l'office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques et même, dans un premier temps, notre rapporteur, avaient préconisé la sortie du régime actuel d'interdiction au profit d'une autorisation très encadrée.