Les services de l'État font l'objet, depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2004, de contrôles en matière d'application des règles relatives aux prélèvements sociaux. Toutefois, la compétence de la Cour des comptes à ce titre ne s'étend pas à tous les services. Par ailleurs, l'articulation des compétences avec les URSSAF doit être reconsidérée.