L'accent est également mis sur la protection du patrimoine naturel. Les initiatives seront nombreuses : 45 millions d'euros sont spécifiquement fléchés « Grenelle », correspondant aux espaces protégés, à la connaissance, au contrôle, à l'expertise et à la préservation des espèces ou encore à la gouvernance dans la politique de l'eau. Grâce à la Stratégie nationale pour la biodiversité 2011-2020, la France se dote d'outils concrets, qui bénéficieront d'une enveloppe spécifique de 15 millions d'euros en 2012. Des appels à projets permettront de financer par exemple des opérations de restauration de sites dégradés, l'innovation dans le domaine de l'ingénierie écologique, le rétablissement des continuités écologiques, ou la lutte contre les espèces envahissantes, notamment outre-mer où les enjeux sont majeurs. Ce sont là, madame Gaillard, des engagements forts en faveur de la biodiversité.
Ces initiatives se font dans les territoires, avec les collectivités locales : ce sont six parcs naturels marins et le nouveau Parc national des Calanques, c'est, comme l'a souligné Pierre Morel-A-L'Huissier, la poursuite de l'effort déjà lancé en 2011 en faveur des parcs naturels régionaux, avec sept parcs en création et deux en extension.