Celui de l'organisation des services. Depuis les lois de décentralisation, le ministère est en réorganisation permanente. La réforme de l'administration territoriale de l'État – la RéATE – a également perturbé le fonctionnement de services qui peinent désormais, en termes de technicité, à répondre aux besoins des maîtres d'ouvrage, à savoir les présidents de conseil général, les maires et l'État.