La mise en oeuvre du plan Campus a été compliquée par plusieurs facteurs. Tout d'abord, les schémas financiers retenus par le ministère n'étaient pas toujours très clairs, notamment en ce qui concerne le recours aux partenariats public - privé (PPP) et l'engagement précis de l'État pour certains établissements – certains d'entre eux ont dû attendre juin 2011 pour être définitivement fixés sur leur sort, alors que le plan Campus a été lancé au printemps 2008. La prise de décision a été retardée par quelques hésitations, ainsi que par l'élargissement du processus.
À cela s'ajoutent les contreparties parfois demandées par l'État aux collectivités territoriales : comme elles ne sont pas toujours de la même sensibilité politique que le Gouvernement, en particulier au plan régional, elles ont manifesté un empressement variable à répondre à l'invitation qui leur était adressée...
L'organisation des élections régionales, au cours des opérations, a également joué un certain rôle.