Même s'il s'agit là d'un problème à part entière qui n'intéresse peut-être pas spécifiquement le plan Campus, on peut dire qu'indépendamment de leur statut juridique, il y a PRES et PRES.
Par ailleurs, même si l'autonomie leur a permis de réaliser de nombreux progrès en la matière, les universités n'étaient pas prêtes à assurer des missions comptables.