Il faudra certainement simplifier à l'avenir le paysage de la recherche. Toutefois, les processus mis en oeuvre font apparaître des ensembles dans les grandes métropoles universitaires. A Lyon, ou à Bordeaux, par exemple, on est dans une logique de simplification pour accroître la visibilité internationale. Ainsi, des institutions diverses ont compris l'intérêt de s'abriter derrière une marque commune. La simplification est donc en devenir.
Par ailleurs, des structures comme les Laboratoires d'excellence sont plus visibles et plus stables que les unités mixtes de recherche (UMR).
Dans un paysage compliqué, les investissements d'avenir sont un moment où se dessinent des collaborations qui seront, à terme, simplificatrices.
On observe, enfin, que les chercheurs ne se posent que des questions qu'ils se posaient déjà, mais avec, cette fois, la perspective de disposer de moyens.
L'appel à projet n'a pas eu pour seul objectif de conforter les scientifiques déjà reconnus, il a eu aussi le but de favoriser l'émergence d'équipes d'avenir. Une autre façon de poser cette question consiste à se demander si le système surconcentre les moyens ou s'il en donne à chacun. C'est aussi pour cette raison que le système est complexe : il existe ainsi plusieurs échelles et dimensions à considérer.
S'agissant des appels d'offres Equipements d'excellence et Laboratoires d'excellence, l'adaptation principale pour le deuxième tour portera sur l'intervention des alliances. Lors de la première vague, en raison de délais courts, les porteurs de projet et les jurys ont travaillé dans la précipitation. L'intervention des alliances fut par conséquent tardive. Au deuxième tour, les alliances rencontreront les jurys au début du processus. Elles sont donc maintenant mieux à même qu'auparavant d'exprimer leur vision de la stratégie.