Les priorités de l'État ont été exprimées dans le rapport de MM. Alain Juppé et Michel Rocard. Les biotechnologies, les instituts d'excellence énergies décarbonées (IEED), les IHU correspondent à des choix forts. Les appels à projet fondés sur le Grand emprunt n'ont pas été définis par l'ANR mais lancés à partir du rapport Juppé-Rocard.