En ce qui concerne l'opération Campus, l'ensemble du projet concerne à la fois les dix sites qui bénéficient du label Campus et des financements des 5 milliards d'euros extrabudgétaires, mais également un ensemble de onze sites retenus par la ministre après l'appel à projets qui bénéficient eux, de financements budgétaires. L'action du ministère pour la gestion globale de l'opération Campus porte sur ces vingt-et-un sites.
Les dix sites bénéficiant des 5 milliards d'euros de financements extrabudgétaires ont été sélectionnés courant 2008 dans le cadre d'un appel à projets, sur proposition d'un comité d'évaluation constitué de personnalités françaises et internationales. La sélection s'est effectuée en deux vagues sur la base de notes d'intention sommaires qui ont permis de retenir six sites en mai 2008 : Bordeaux, Grenoble, Lyon, Montpellier, Strasbourg et Toulouse. En juillet 2008, quatre sites complémentaires ont été retenus : Aix-Marseille, Condorcet Paris-Aubervilliers, Paris et Saclay. Soit au total, sept sites en régions et trois sites en Île de France.
Après la sélection sur ces notes d'intention sommaires, les sites sélectionnés ont eu cinq à six mois pour présenter de véritables projets. Ces projets ont également été soumis au comité d'évaluation.