En réalité, ce n'est pas une mesure unique qui va suffire à assurer la sécurisation du dispositif. Même la prescription électronique n'est pas la panacée : on sera toujours obligé de délivrer une ordonnance papier au patient. Il est vrai que les prescriptions électroniques seront envoyées vers un serveur unique auquel tous les professionnels de santé – kinésithérapeutes, infirmières, etc. – auront accès. Mais la généralisation des services en ligne poserait de gros problèmes organisationnels : les pharmaciens devraient se connecter à une bonne dizaine de serveurs pour vérifier la validité des droits du patient au régime obligatoire, à une couverture complémentaire, pour récupérer la prescription électronique et vérifier sa régularité, accéder au dossier pharmaceutique, voire au dossier médical personnel, valider les demandes de prises en charge en cas d'affection de longue durée, etc.
La prescription électronique est surtout utile pour permettre au pharmacien qui a un doute sur la prescription que le patient lui a transmise d'effectuer des vérifications.
De même, l'expérience des ordonnances en papier filigrané a donné de bons résultats : étant plus difficiles à dupliquer, elles limitent le nombre d'ordonnances apocryphes. Mais les médecins ayant refusé leur généralisation, leur usage est réservé à la délivrance de médicaments inscrits sur la liste des stupéfiants.
L'utilisation de codes de type Datamatrix, qui permettent d'intégrer un grand nombre d'informations, serait également un élément de sécurisation, même s'ils peuvent être falsifiés.