L'étude du Conseil d'État de mai 2009 a bien mis en évidence que, pour des raisons tenant à la protection de la confidentialité des projets de recherche, il n'est pas possible d'imposer à l'Agence de la biomédecine de motiver sa décision. En revanche, le ministre peut modifier par voie réglementaire l'article R. 2151-2 afin d'obliger le conseil d'orientation de l'agence de la biomédecine à motiver les avis qu'il rend sur les projets de recherche, avis qui ne sont communiqués qu'au directeur de l'agence et aux ministres.