S'agissant du contrôle des établissements de santé, tout particulièrement le contrôle de la tarification à l'activité, les textes confient cette responsabilité au directeur général de l'agence régionale de santé (ARS). Ce contrôle passe par deux commissions : une commission technique paritaire entre l'agence régionale de santé et l'assurance maladie ; une commission – plus politique, elle – au sein de laquelle le directeur général de l'agence régionale de santé est seul juge de la décision de sanctionner in fine.