Le cahier des charges de l'étude Saône–Rhin ne prend pas en compte le tracé de l'actuel canal Rhône au Rhin par le Doubs, ce qui peut remettre en cause la crédibilité du débat public annoncé sur ce thème. Le Réseau transeuropéen de transport (RTET) va être révisé pour le printemps prochain : y intégrera-t-on les projets Saône-Moselle et Saône-Rhin ?