Dans le respect des normes communautaires, cet amendement tend à conférer à la Cour des comptes une compétence exclusive de certification d'un nombre restreint d'établissements publics de santé – à savoir, ceux dont les recettes d'exploitation du compte principal pour l'année 2009 sont supérieures à 700 millions d'euros –, les commissaires aux comptes certifiant les comptes des autres établissements soumis à telle obligation. Concrètement, la Cour des comptes assurerait les certifications des centres hospitaliers régionaux universitaires de Lille et Bordeaux, du centre hospitalier universitaire de Toulouse, des hospices civils de Lyon, de l'Assistance publique-Hôpitaux de Marseille et de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris.
Afin d'assurer une bonne répartition de la charge de travail entre la Cour des comptes et les chambres régionales des comptes, l'amendement prévoit la possibilité d'une délégation de la compétence de certification aux chambres régionales concernées, la mission d'ensemble restant supervisée par la Cour.