En 2009, le FSI a investi dans vingt et une entreprises mais la Cour estime que cela ne saurait être comptabilisé dans le cadre du plan de relance, pour plusieurs raisons. D'abord, l'objectif du FSI n'est pas conjoncturel mais structurel ; le Gouvernement, lors de sa création, avait d'ailleurs indiqué qu'il s'agissait de défendre l'économie française mais aussi de relever le niveau de la croissance potentielle. Par ailleurs, le FSI a investi 1,4 milliard d'euros en 2009, mais seulement 800 millions en investissements directs, alors que la dotation du plan de relance s'élève à 2,94 milliards. De surcroît, sur ces 800 millions, 362 millions sont allés à de grandes entreprises, par des opérations de rachat de titres, destinées à renforcer la structure des groupes.
Le Gouvernement a pris le parti d'intervenir massivement par des mesures de trésorerie, des remboursements anticipés, en vue d'empêcher des dépôts de bilan ou de les décaler dans le temps, plutôt que de rechercher un effet macroéconomique. Mais cela a pu avoir un effet bénéfique sur le tissu des entreprises françaises, ce qui était l'un des objectifs. En outre, dans le total dont le Gouvernement a fait état, la dotation importante du FSI a eu un impact d'un autre type. L'analyse du plan de relance permet de mieux expliquer le décalage apparent entre l'ampleur des sommes mobilisées et le résultat en termes de taux de croissance, au-delà de l'incertitude quant au bien-fondé des modèles macroéconomiques.