Les PRES ont délibérément été conçus en 2006 sans modèle préalable, afin de s'adapter aux différents projets des universités. Certaines souhaitaient se rapprocher jusqu'à la fusion : le PRES le permet. D'autres n'envisageaient que des coopérations ponctuelles. Le PRES le permet encore. Celui-ci a donc été conçu comme un outil permettant tous les types, ou presque, de coopération. Il est fort possible qu'après plusieurs années d'expérience, un tri se révèle nécessaire. Toutefois, on ne doit pas oublier l'intention du législateur, qui était de laisser la porte ouverte à toutes les formes de coopération.
En effet, en matière universitaire, il ne saurait être question de faire prévaloir l'uniformité, du fait que, dans aucun pays, les universités ne sont identiques entre elles. Certaines ont une visée essentiellement professionnelle et forment des jeunes à bac + 4 ou + 5 ; d'autres se consacrent à la recherche de haut niveau. Entre ces deux modèles, il existe des gradations. On ne saurait donc partir du principe que toutes les universités doivent obéir à un modèle unique. Penser que leur coopération doive être dictée par des normes absolument intangibles constituerait une profonde erreur d'analyse.
Par ailleurs, l'immobilier universitaire est un vrai sujet de préoccupation : il est généralement assez dégradé du fait qu'il a été géré avec une rigidité invraisemblable, dans le cadre de situations non clarifiées, l'immobilier appartenant tantôt à l'État, tantôt à l'université elle-même, tantôt aux collectivités territoriales. Je déplore qu'on n'ait pas réalisé de progrès dans ce domaine où l'autonomie était la plus immédiatement utile.
Enfin, depuis la loi de 2006, les PRES peuvent avoir un statut de fondation permettant de recueillir des fonds privés. L'expérience montre toutefois qu'un tel statut est assez peu répandu dans les moeurs universitaires françaises.