La Mission recommande de « clarifier le rôle des PRES, en fonction de leurs différentes formes juridiques, dans la mise en oeuvre des investissements d'avenir, en particulier des initiatives d'excellence, en élargissant leur socle de compétences minimales et en améliorant leur gouvernance ».
On peut en effet distinguer plusieurs catégories de PRES : certains sont une étape conduisant à l'université unique – c'est le cas à Strasbourg ou à Bordeaux. D'autres sont conçus comme des instruments de coopération. Or les PRES peuvent donner lieu à différents niveaux de coopération. Il conviendrait, à nos yeux, de définir – un peu sur le modèle des intercommunalités – un socle de compétences obligatoires identique à tous les PRES, auquel s'ajouterait un menu optionnel permettant d'adapter le périmètre des compétences du pôle aux réalités du terrain. Il s'agit de concilier la cohérence de l'action et la transparence de l'évaluation.