Trois autres propositions devraient permettre de mieux sécuriser le dispositif pour les PME et mieux le contrôler. Premièrement, il apparaît nécessaire d'améliorer l'information des entreprises sur les dépenses éligibles au crédit d'impôt recherche par l'intégration de la référence au manuel de Frascati, publié par l'OCDE, dans une nouvelle instruction fiscale. En effet, les utilisateurs du crédit d'impôt peuvent utiliser quatre documents de référence différents pour définir les dépenses éligibles, ce qui entraîne des confusions auxquelles il convient de mettre fin. Deuxièmement, il faut promouvoir le recours à la procédure de rescrit et au contrôle fiscal sur demande par la formation d'un correspondant « fiscalité des PME » au sein des chambres consulaires. Les réseaux consulaires doivent s'impliquer dans le dispositif. Troisièmement, il est aujourd'hui très important d'améliorer la qualité et l'efficacité du contrôle fiscal grâce à la création d'équipes de contrôle communes aux services du ministère de la Recherche et de l'administration fiscale.