La MEC a formulé trois propositions supplémentaires pour améliorer l'efficacité de la dépense en faveur des PME. Il s'agit de pérenniser le remboursement anticipé de la créance de crédit d'impôt recherche au profit des PME non fiscalement intégrées – et non pas à l'ensemble des PME, car celles qui appartiennent à un groupe d'entreprises fiscalement intégré n'ont pas les mêmes besoins de trésorerie. Il s'agit également de mieux caractériser les entreprises les plus intensives en R&D pour adapter les différents dispositifs d'aides publiques. Enfin, la MEC insiste pour que soient mis en place des outils quantitatifs et qualitatifs de suivi de la performance du crédit d'impôt recherche.