Il convient également d'examiner le mode d'organisation des séjours hospitaliers : si la mise en place de la T2A incite les hôpitaux à « faire de l'activité » et à éviter de trop longs séjours – comme en atteste d'ailleurs l'étude réalisée en 2006 par le directeur du département de l'information médicale (DIM) du CHIPS –, il n'en demeure pas moins que l'on peut s'interroger sur les trop longs séjours : sont-ils dus à des pathologies lourdes ou à une mauvaise organisation ? Cibler les séjours qui dépassent d'une journée la moyenne de ceux qui ont permis d'élaborer les tarifs permet ainsi de mettre en évidence les dysfonctionnements, lesquels concernent essentiellement la chirurgie. En dépit des progrès indubitablement réalisés, il devrait donc être encore possible d'améliorer le système.