L'IGN et le SHOM allouent une partie du financement qui leur est versé par l'État à la réalisation du programme de rénovation du référentiel altimétrique du territoire et dans certains cas les collectivités territoriales y contribuent
La réalisation du programme ne résulte pas d'un ordre technique fondé sur une analyse de risque. Elle se fait en fonction des financements et des tours de table financiers qui se finalisent. Les élus des départements et territoires d'outre-mer, très sensibilisés à la question, ont mobilisé des fonds européens pour compléter les financements. C'est ce qui a déclenché le programme sur leur littoral.
Une des caractéristiques du programme Litto3D, est que, contrairement aux autres référentiels de l'IGN, il est financé à l'amont, si bien qu'une fois qu'il est réalisé, les données sont librement disponibles dans la sphère publique – État, établissements publics, collectivités.