L'une des difficultés tient à l'absence de système efficace de protection intellectuelle. Ce qui est vrai dans le secteur alimentaire ne l'est pas dans celui de l'agro-fourniture – semences, engrais, machines agricoles… –, où les produits sont protégés par des brevets, ou des certificats d'obtention végétale pour les variétés végétales.
Dans le domaine des semences, l'acteur stratégique est le créateur de semences qui détermine, en même temps qu'il la met au point, l'écosystème dans lequel elle exprime son potentiel maximal. Celui qui détient le « secret » de la variété a entre ses mains le sort de tout l'aval. Les semenciers se classent aujourd'hui en deux grandes catégories. Ceux issus du secteur des semences ont l'habitude de protéger leurs innovations par des certificats d'obtention végétale – COV. Les autres utilisateurs ont accès au matériel génétique, moyennant paiement bien sûr, mais n'ont pas besoin d'une autorisation préalable d'utilisation de la part du détenteur du COV. Les semenciers issus du secteur de l'agro-chimie, par exemple les fabricants de produits phytosanitaires qui se sont mis à vendre également des semences, notamment avec des semences couplées à un produit de traitement ou traitées pour y résister, sont, eux, plus habitués à protéger leurs innovations par des brevets. Ce n'est pas un hasard si la cartographie du mode de protection des innovations se superpose à peu près avec celle des types d'acteurs industriels. Les semenciers américains viennent majoritairement de l'agro-chimie et ont recours aux brevets, alors que les semenciers européens se situent davantage dans la tradition du COV. Le retour sur investissement de celui qui investit en recherche-développement est mieux verrouillé quand il existe un brevet plutôt qu'un COV.
Dans le secteur alimentaire, les choses sont encore différentes. Si les procédés se protègent bien – mais il y a peu de grandes innovations de procédés, sachant que de simples adaptations dans la chaîne de fabrication se protègent mal –, les recettes, elles, ne se protègent pas du tout. La seule protection réside dans le secret. Songeons au Coca-Cola ou à certaines pâtes à tartiner, dont la recette n'est connue que de quelques personnes dans le monde. Le seul moyen de préserver la différence de goût est de garder secrète la recette de fabrication. D'où nécessairement des modes de collaboration et de développement particuliers.