L'AFSSAPS dispose d'une base de données administrative puisque c'est elle qui est à l'origine des autorisations de mise sur le marché (AMM), qui donne son avis au titre de la commission de la transparence et qui recueille les déclarations administratives obligatoires des laboratoires. Jusqu'à présent, il était difficile de mobiliser ces informations, le CNIS l'avait d'ailleurs noté dans un rapport de 2005. La DREES a désormais passé une convention avec l'Agence afin de disposer de cette base de données, qu'elle utilisera à l'avenir.
Pour l'heure, les bases que la DREES peut le plus facilement mobiliser sont celles qui sont produites par l'industrie du médicament sur l'activité des laboratoires pharmaceutiques : le GERS – le groupement pour l'élaboration et la réalisation de statistiques – et l'IMS - Intercontinental Marketing Services. Ces données ne transitent pas par l'AFSSAPS. Les organismes qui les collectent sont totalement indépendants. La DREES paye pour pouvoir les utiliser.
Pour sa part, la HAS n'est pas une source de données, même si chacun constate bien évidemment les effets de ses actions, en particulier de la production des références de bonnes pratiques médicales, lorsque sont conduites des études sur certains secteurs ou sur le remboursement.
En fait, pour caractériser les relations de la DREES avec ces organismes on peut dire que les études que réalise la DREES, qui montrent des inflexions pour certaines classes thérapeutiques spécifiques, permettent à la Haute Autorité de santé, mais aussi à d'autres acteurs comme les caisses d'assurance maladie ou la direction du ministère de la santé chargée du médicament, de mesurer l'impact de telle ou telle action.