C'est l'une des faiblesses du dispositif. Jusqu'à présent, les guichets étaient totalement séparés, avec des priorités thématiques qui n'étaient pas nécessairement connectées les unes aux autres. L'articulation faisait défaut, et on en souffre d'ailleurs aussi au niveau européen. Mais la situation semble évoluer, notamment à l'initiative de l'ANR et d'Oseo. Les directions générales des deux organismes sont en train de se mettre d'accord pour assurer le suivi financier des projets, depuis la phase de maturation jusqu'à la mise en oeuvre. Une amélioration notable devrait en résulter. De même, l'ANR a passé diverses conventions avec ses homologues d'autres pays européens afin d'élaborer des dossiers conjoints, ce qui permettra une meilleure coordination, les appels d'offres étant transnationaux et chaque agence finançant ses équipes nationales mais sur la base d'un seul dossier.