L'adhésion d'une région ou d'un département à un syndicat mixte ne change rien au processus d'élaboration du SCOT. En revanche, certains éléments du SCOT sont dans le champ de compétence de la région – lorsqu'ils concernent les transports ou les grands axes de circulation, par exemple. Certains SCOT, extrêmement étendus, couvrent quasiment la moitié du territoire d'un département.