Un fonctionnement paritaire du futur Conseil commun de la fonction publique ne permettrait pas d'identifier sur chaque sujet la position respective des personnels, des employeurs territoriaux et des employeurs hospitaliers. Il y aurait un avis unique, qui confondrait des positions éventuellement divergentes.
La transparence des travaux préparatoires sur les textes législatifs et réglementaires serait réduite par rapport à la situation actuelle, dans laquelle le Gouvernement consulte tour à tour les trois conseils supérieurs, qui émettent chacun un avis distinct.
Le vote par collège permettra d'identifier l'avis de chacun. Ce système évitera que les représentants de l'État prennent part au vote. Ils n'ont pas à voter, en effet, puisque, par définition, ils soutiennent le projet proposé par l'État.
Enfin, le fait que le vote s'effectue par collège n'empêchera pas de dégager une tendance générale au sein du Conseil : si un projet est contesté dans plusieurs de ses composantes, cela se traduira dans les résultats de chaque vote.
Pour toutes ces raisons, la commission a émis un avis défavorable.