Néanmoins, de nombreuses affaires récentes et médiatisées ont mis en lumière les pressions de plus en plus fortes que subissent les journalistes d'investigation.
Ainsi, des journalistes de France 3 qui avaient récupéré le film de l'accident de Villiers-le-Bel avant les émeutes ont été sommés d'en révéler la source. Dans l'affaire Clearstream, le Canard enchaîné n'a évité la perquisition que grâce au réflexe d'une collaboratrice qui avait opportunément perdu les clefs de son bureau. Le journaliste Guillaume Dasquié a été placé en garde à vue pendant vingt-sept heures, pour recel de violation du secret défense.