Le projet de loi ne traite pas des affectations et des transfèrements, qui ont pourtant des conséquences importantes sur la vie des détenus ; ils provoquent souvent la rupture des liens familiaux et l'interruption des activités éducatives et professionnelles, ce qui entrave la réinsertion. Ces aspects sont d'ailleurs abordés par plusieurs règles pénitentiaires européennes.
En conséquence, nous avons déposé huit amendements sur le sujet. En particulier, il ne nous paraît pas admissible que les transfèrements soient régulièrement utilisés à titre coercitif. Le Comité de prévention contre la torture s'était d'ailleurs élevé, dans un courrier adressé au garde des sceaux en 2003, contre les « rotations de sécurité » – parfois exercées sans préavis –, qu'il avait qualifiées de « traitements inhumains et dégradants ».