L'élaboration du contrat quadriennal est un rendez-vous essentiel pour les universités et pour les organismes de recherche. Il n'y a pas deux politiques scientifiques mais une seule, que l'État accompagne et que les organismes soutiennent. L'université autonome pourra négocier en pleine responsabilité avec les organismes de recherche car elle sera sur le même plan qu'eux, ce qui n'était pas le cas jusqu'à présent. L'organisme de recherche n'est plus l'instance qui évalue ou qui labellise : il devient partenaire.
Le rapport d'Aubert propose également que l'on puisse confier un mandat de gestion à l'hébergeur. S'il peut apparaître plus opportun de confier, dans certaines circonstances, la gestion de telle ou telle unité au CNRS, ce sera à l'université et au CNRS d'en décider d'un commun accord. La formule du mandat de gestion à l'hébergeur n'en devrait pas moins constituer le droit commun.