t : La mise en place de la T2A a été précédée par un travail méthodologique très important, ce qui n'est pas le cas, en l'état, pour l'université. Des redéploiements de dotations de l'assurance maladie vers divers hôpitaux ont en outre été acceptés, de même le fait qu'il y ait des gagnants et des perdants. Par ailleurs, si des dotations ont bien été redistribuées, les coûts n'ayant pas été totalement alignés sur celles-ci, des établissements sont aujourd'hui en déficit – c'est pourquoi la loi de financement de la sécurité sociale pour 2008 a mis en place la convergence tarifaire.
Les hôpitaux disposent toutefois d'une enveloppe de missions d'intérêt général, mais l'équivalent pourrait être mis en place dans le cadre du volet « recherche » des universités où une fraction de la dotation pourrait ne pas varier en fonction du nombre de chercheurs « actifs » ou publiants.