En troisième et dernier lieu, le financement doit être compatible avec une gestion autonome des universités en laissant le plus de marge de manoeuvre possible à l'équipe présidentielle dans l'allocation interne de ses moyens et en distinguant formation et recherche. Cela n'était pas le cas dans le cadre du système San Remo puisque, outre que la répartition des postes d'enseignants-chercheurs était fonction de critères liés à la formation et non à la recherche, le système de répartition des emplois de recherche ne concernait quant à lui que l'enveloppe contractualisée.