L'AFITF ne devait être alimentée que par des ressources extrabudgétaires. Dès lors que les sociétés d'autoroute ont été cédées, tout a changé. Par doctrine, l'administration de Bercy est totalement opposée à ce que des crédits d'investissements sortent de son contrôle. Elle a préféré abandonner les sociétés d'autoroute plutôt que de laisser une véritable autonomie à l'AFITF. Maintenant, il faut choisir entre doter l'Agence de ressources propres, sans aucune contribution du budget de l'État, ou la faire disparaître.