L'article 3 place les responsables départementaux et les unités de la gendarmerie sous l'autorité du préfet, représentant de l'État dans le département. La gendarmerie devra lui rendre compte de l'exécution et des résultats de ses missions.
Ainsi, alors que l'article 2 du projet de loi supprime la procédure de réquisition, garde-fou par lequel l'obéissance de l'autorité militaire à l'autorité civile prend forme, son article 3 place l'autorité militaire sous la tutelle de l'autorité administrative, rompant la chaîne hiérarchique propre à la gendarmerie.
Il aurait pourtant été possible de concilier obéissance à l'autorité civile et respect de la chaîne hiérarchique propre au statut militaire : l'exécution des missions confiées par le préfet pouvait rester sous l'autorité hiérarchique du commandement régional de la gendarmerie.
Ce système est en réalité déjà en vigueur depuis 2002, puisqu'il revient aux préfets de demander l'intervention des forces de gendarmerie. Pourquoi donc l'inscrire dans la loi, si ce n'est pour ouvrir des brèches dans le statut militaire de la gendarmerie, et préparer le terrain pour des aménagements ultérieurs ?
Encore une fois, loin de permettre une simplification, ces nouvelles dispositions compliquent considérablement les choses, puisque les brèches dans le statut militaire de la gendarmerie en font un corps mixte, à part, placé sous deux autorités, civile et militaire, qui s'entrecroisent sans cesse et entrent en conflit.