Les préjudices que subissent les exploitants de cultures non-OGM peuvent aller bien au-delà de la perte de gains, notamment pour tout ce qui concerne les cultures biologiques, labellisées, ou encore l'apiculture : déclassement et perte de certification, perte de clientèle, obligation de reconversion, perte de semences de ferme, de ressources phytogénétiques.
Le seuil de 0,9 % n'est qu'un seuil d'étiquetage. Il s'agit de fixer un seuil de réparation correspondant au seuil de détection scientifique. L'article 36a de la loi allemande, par exemple, permet la réparation d'une contamination inférieure à 0,9 % pour le secteur biologique ou le secteur soumis à un cahier des charges demandant une présence inférieure d'OGM, ce dont a parlé à plusieurs reprises M. Chassaigne pour ce qui concerne les AOC, notamment liées aux produits laitiers.