Il s'agit de supprimer l'alinéa 15 de l'article 2, pour permettre aux deux collèges de se réunir et ainsi d'échanger leurs points de vue, dans leurs domaines de compétences respectifs. Les deux collèges devraient élaborer conjointement, en plénière, l'avis que donnera le Haut conseil, garantissant la prise en compte des aspects éthiques, économiques et sociaux liés à l'utilisation des organismes génétiquement modifiés, au même titre que les aspects scientifiques et techniques.
Afin de faciliter l'avancée des travaux lors des réunions plénières, rien ne fait obstacle à ce que le règlement intérieur du Haut conseil prévoie la désignation en séance plénière d'un bureau permanent, qui pourrait notamment être chargé de préparer les réunions. Pour des raisons pratiques, les dossiers d'OGM en milieu confiné seront traités par un sous-groupe.