Dans son rapport de 2006 sur l'application des lois de financement de la sécurité sociale, la Cour des comptes soulignait qu'un bilan des dépenses liées à la mise en oeuvre de la réduction du temps de travail à l'hôpital devait être établi par la DHOS, à l'issue de la période de montée en charge de la réforme (2002-2005). Ce bilan n'étant pas disponible lors de la rédaction de son rapport précité, elle regrettait cette défaillance de l'administration centrale. La MECCS du Sénat constatait en juin 2008, dans un rapport intitulé « Pour une gestion responsable de l'hôpital » que ce chiffrage n'était toujours pas disponible. C'est la raison pour laquelle M. Dominique Tian demande à Mme la ministre de la santé et des sports si elle entend demander à la DHOS de produire enfin cette évaluation, indispensable pour la compréhension de la situation du secteur de l'hospitalisation publique.
L'impact financier de la mise en oeuvre de la réduction du temps de travail à l'hôpital n'a pas fait l'objet d'un bilan spécifique à l'issue de la période de montée en charge (2002-2005). Néanmoins de nombreux rapports et études ont été élaborés. Dès la fin 2002 un rapport était établi par la mission nationale d'évaluation sur la mise en place de la réduction du temps de travail (RTT) dans les établissements de santé. Deux études de la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques (DREES), en mars 2003 sur la mise en oeuvre de la RTT dans la fonction publique hospitalière et en octobre 2003 sur la RTT dans les hôpitaux publics ont été réalisées. Par ailleurs, en 2004, un rapport d'information de la mission d'évaluation sur les conséquences économiques et sociales de la législation sur le temps de travail a été remis à l'Assemblée nationale. Ce dernier rapport analyse notamment l'impact financier de la RTT et ses conséquences sur l'organisation dans la fonction publique hospitalière. Dans son rapport 2009, la Cour des comptes a noté les progrès réalisés dans l'évaluation du coût de la mise en oeuvre de la RTT à l'hôpital, de l'ordre de 3,6 milliards d'euros pour la période de 2002-2006, même si des précisions doivent encore être apportées notamment en ce qui concerne le temps de travail médical, l'impact de la RTT sur la productivité et le taux d'occupation des postes créés. La Cour des comptes relève également les efforts faits pour diffuser les exemples de bonnes pratiques dans la mise en oeuvre de la RTT à travers les travaux de la mission nationale d'expertise et d'audit hospitalier (MEAH). Le ministère chargé de la santé entend continuer à développer sa connaissance de la RTT à l'hôpital. Des indicateurs de suivi des heures supplémentaires et de provisions correspondant aux jours épargnés dans les comptes épargne-temps (CET) sont ainsi en cours de mise en place.
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