M. Jean-Pierre Brard appelle l'attention de M. le garde des sceaux, ministre de la justice et des libertés, sur la disparition progressive des juges d'instruction. Le 7 janvier 2009, le Président de la République, Nicolas Sarkozy, a proposé la suppression du juge d'instruction, préférant un juge de l'instruction, sous l'autorité du parquet, qui « contrôlera le déroulement des enquêtes mais ne les dirigera plus ». Bien que cette réforme n'ait pas abouti, le pouvoir étouffe lentement les juges d'instruction. Au vu de la récente circulaire du 17 février 2012 de localisation des emplois de magistrats et de fonctionnaires pour l'année 2012, treize postes de juges d'instruction ont encore été supprimés, ce qui réduit leur nombre à 540. Depuis 2006, 69 juges d'instruction ont disparu. Dans certaines juridictions, la pénurie se fait sentir. Ainsi par exemple, à Versailles, en 2009, il y avait dix juges d'instruction, aujourd'hui ils ne sont plus que huit. Au pôle financier du tribunal de Paris, qui traite les gros dossiers de délinquance économique, il y avait 14 magistrats spécialisés en 2009, ils ne sont plus que 10 en 2012. Les juges d'instruction sont également de moins en moins saisis par les parquets. Les procureurs rechignent à ouvrir une information judiciaire, préférant conserver le contrôle de l'enquête préliminaire. Pour ces derniers, les enquêtes préliminaires offrent l'avantage de rester secrètes et sous le contrôle du parquet, donc du pouvoir politique. La marginalisation des juges d'instruction est en marche. Indépendants par statut, ces juges présentent le seul tort, aux yeux du Gouvernement, d'être incontrôlables. Au nom du principe de séparation des pouvoirs, il appelle son attention sur l'impérieuse nécessité de ne pas entraver le travail des juges d'instruction qui est à l'origine de la dénonciation de nombreuses affaires de corruption économique et politique.
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