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Il y a d'abord un risque sanitaire : les plantes génétiquement modifiées produisent un insecticide ou résistent aux herbicides ; il faut pouvoir assurer leur traçabilité, sans rechercher seulement l'OGM, mais aussi le pesticide associé.
Il existe un risque de pollution génétique, de dispersion du pollen et de transferts horizontaux entre microbactéries du sol et plantes transgéniques. Les insectes ne risquent-ils pas de devenir à leur tour résistants ? Peut-on enfouir les OGM après expérimentation ?