S'agissant du secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale, la préparation du plan depuis 2004 s'est faite sous l'autorité du Premier ministre, en relation étroite avec le ministère de la santé, le ministère de l'intérieur, mais aussi d'autres ministères – économie, transports, etc. – puisque ce plan à une vocation large.