L'organisation actuelle de la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés résulte de la réforme de l'assurance maladie intervenue en août 2004. La logique de celle-ci consistait à déléguer les responsabilités aux différents acteurs. C'est notamment pourquoi ont été créés les différents sous-objectifs de l'objectif national de dépenses d'assurance maladie, considérant qu'existaient à la fois un pilote des soins de ville avec l'assurance maladie, un pilote des soins hospitaliers à travers ce qui était alors la direction de l'offre de soins et enfin un pilote du secteur médico-social qui était la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie, soit un pilote défini pour chaque grand champ de dépenses de santé. La création ultérieure des agences régionales de santé a croisé cette logique en organisant une certaine transversalité entre ces secteurs.