Les manuels scolaires sont rédigés avant que les programmes ne deviennent définitifs. Le texte qui a suscité le plus de polémiques est celui de l'édition Bordas du manuel de SVT pour classe de première. À la page 182, est mentionnée une étude allemande qui montrerait une variabilité importante des activités homosexuelles des adolescents en fonction du contexte culturel et social : en Allemagne, la dégradation post-soixante-huitarde de l'état des familles aurait fait augmenter la proportion d'adolescents aux pratiques homosexuelles tandis que l'épidémie de Sida et un resserrement des principes l'aurait faite fortement baisser dans les années 90. Force est de constater que cette étude n'est en rien un document scientifique : les cohortes ne sont pas indiquées et la notion « d'activité homosexuelle » n'est pas définie.
Les autres manuels passent plus rapidement sur le sujet et y consacrent un développement à peine plus long que les deux phrases qui l'évoquent dans le programme.