La sélection des projets a été confiée à des jurys internationaux. L'AERES a joué un rôle indirect dans la phase d'évaluation ex ante, dans la mesure où elle a mis à la disposition des jurys les rapports d'évaluation qu'elle a établis au fil des années sur les unités de recherche surtout et sur les établissements.
On peut s'attendre à ce qu'elle joue un rôle plus important en matière d'évaluation ex post pour s'attacher à apprécier les effets de ces investissements. Des discussions sont en cours avec le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche, le CGI et l'Agence nationale de la recherche – ANR –, pour que l'AERES soit impliquée dans le processus d'évaluation à travers d'abord l'évaluation de l'ANR ; elle s'attacherait plus particulièrement à la manière dont l'ANR joue son rôle d'opérateur, notamment dans le cadre de sa relation contractuelle ou conventionnelle avec les bénéficiaires, et lorsqu'elle procède à l'évaluation des actions engagées.