Il arrive que certaines filiales soient dans une situation de concurrence avec des divisions internes de leur maison-mère, ce qui peut poser problème. Il existe également un risque permanent de transfert de technologies au sein d'une autre entité du groupe, que ce soit dans le même pays ou à l'étranger. La filialisation est donc un facteur de rigidité en raison de la position particulière du maître d'oeuvre intégrateur par rapport à sa PME.